真核生物转录调控分为转录前（染色质开放、转录因子结合、组蛋白修饰）、转录中、转录后（mRNA 剪接、miRNA 调控、RNA 结合蛋白互作）多层级调控网络，解析该体系依赖多类核酸模板：总RNA：用于mRNA、lncRNA、miRNA转录组测序、qRT-PCR定量基因转录水平，要求RNA完整无降解，RIN≥7.0，无基因组 DNA、蛋白、酚类杂质残留；ChIP-DNA：交联破碎后染色质复合物纯化 DNA，用于转录因子、组蛋白修饰位点全基因组定位，DNA片段均一、无蛋白污染、低损耗；RIP-RNA：RNA 结合蛋白结合的靶RNA微量提取，微量样本回收率要求高，杜绝 RNA 酶降解。
手工提取流程操作步骤多、裂解、洗涤、洗脱环节人工差异大，微量样本损耗严重，RNA 降解、DNA 蛋白污染频发，造成转录组测序批次偏移、qPCR 定量重复性差、ChIP 富集效率不稳定，严重干扰转录调控差异基因与调控位点筛选结果。自动化磁珠提取技术通过机械标准化完成磁珠结合、洗涤、洗脱，消除人为操作偏差，是当前转录调控多组学研究的主流样本前处理方案。
博清生物科技（南京）有限公司研发的BHT-16T 为小型台式核酸提取仪，核心采用一体化永磁磁棒分离技术，单轮可同步处理 16 份样本，适配细胞、动植物组织、免疫沉淀复合物、全血等多类型样本；搭载 5 寸触控智能程序系统，裂解温度、振荡混匀速度、磁珠吸附时间分段可调；内置紫外消毒模块与 HEPA 高效过滤风道，开门断电保护、过温预警多重安全防护，整机体积小巧适配分子生物学实验室狭小操作台。配套通用磁珠提取试剂盒可同步纯化总 RNA、基因组 DNA、微量 ChIP/RIP 核酸，无需更换设备，适配转录调控全流程样本前处理。
一、材料与方法
（一）实验仪器与试剂
1、仪器：博清生物BHT-16T核酸提取仪；微量分光光度计；RNA完整性分析仪；实时荧光定量 PCR 仪；琼脂糖凝胶电泳系统；超声破碎仪；超净工作台。
2、样本：人肝癌 HepG2 细胞、小鼠肝脏新鲜组织、ChIP 交联染色质沉淀、AGO2-RIP 免疫复合物。
3、试剂：博清生物磁珠法总 RNA 提取试剂盒、ChIP-DNA 纯化试剂盒、RIP 微量 RNA 提取试剂盒；TRIzol 手工提取试剂；DNase I 去除试剂盒；qPCR 扩增引物（GAPDH、TP53、lncRNA MALAT1）。
（二）实验分组设计
设置两组平行对照：
实验组：博清BHT-16T磁珠提取；
对照组：传统TRIzol手工提取法。
每组样本设置6个生物学重复、3次技术重复，分别处理细胞、组织、ChIP复合物、RIP复合物四类样本。
（三）核酸提取操作流程
1、BHT-16T 自动化提取流程
样本前处理：细胞/组织裂解液预处理；ChIP/RIP 复合物洗脱后转移至深孔板；
板位排布：深孔板依次加入裂解液、磁珠结合液、多梯度洗涤液、无酶水洗脱液；
程序设置：仪器内置转录调控专用程序，裂解 56℃恒温 12 min，4 档可调振荡混匀，磁珠吸附 3 min，洗涤循环 4 次，洗脱体积 30 μL；
全程自动化运行，结束后自动紫外消毒 30 min，洗脱核酸直接用于后续实验。
2、手工 TRIzol 提取流程
按照经典酚 - 氯仿抽提、异丙醇沉淀、乙醇洗涤步骤手动操作，全程冰上操作抑制 RNA 降解。
（四）核酸质量检测指标
1、纯度：NanoDrop 检测 A260/A280、A260/A230；
2、完整性：检测 RIN 值、28S/18S 比值；
3、回收率：荧光定量测定核酸浓度，计算单位样本核酸得率；
4、重复性：同一基因 qRT-PCR 检测 Ct 值，计算批次间变异系数 CV；
5、污染评估：空白对照提取产物 qPCR 检测基因组 DNA 残留，评估交叉污染。
（五）下游转录调控实验验证
1、转录组测序：两组 RNA 建库测序，对比差异基因聚类一致性、Q30 数据质量；
2、ChIP-qPCR：纯化 ChIP-DNA 扩增转录因子结合启动子区域，计算富集倍数；
3、RIP-qPCR：提取 AGO2 结合 RNA，检测 miRNA 靶标 RNA 富集效率。
二、结果与分析
（一）核酸纯度与完整性对比
手工提取组 A260/A280 普遍低于 1.8，提示蛋白、酚类杂质残留；A260/A230＜1.6，存在多糖、盐离子污染；细胞与组织样本 RIN 值均低于 7.0，RNA 出现明显降解，无法满足转录组建库要求。
博清 BHT-16T 自动化提取产物 A260/A280 稳定 1.95~2.10，A260/A230≥1.8，RIN 值全部＞7.6，28S/18S 比值接近 2.0，RNA 完整性优异；针对 ChIP、RIP 微量免疫沉淀样本，磁珠特异性吸附可大幅降低杂质共沉淀，微量核酸回收率显著高于手工法，适配低丰度转录调控复合物样本。
（二）实验重复性与批次误差分析
以管家基因 GAPDH qRT-PCR Ct 值评估重复性：
BHT-16T 组：同批次样本 Ct 标准差 0.21，批次间 CV=2.17%；
手工提取组：同批次 Ct 标准差 0.78，批次间 CV=8.64%。
手工提取裂解、移液、沉淀步骤人工操作差异大，磁珠自动化设备机械动作标准化，磁珠吸附、洗涤时间、混匀力度统一，消除人为操作变量，大幅降低转录定量实验的批次偏移，适合多时间梯度、多药物处理、多组织样本的大规模转录调控筛选实验。
（三）防污染性能验证
空白对照孔无细胞样本同步提取，手工组空白孔可检出基因组 DNA 扩增条带，存在气溶胶交叉污染；BHT-16T 内置封闭腔体、紫外全程消毒、HEPA 过滤外排风道，空白对照无扩增信号，无样本交叉污染，可规避微量 RIP、ChIP 实验中杂核酸干扰，保证转录因子、RNA 结合蛋白靶标鉴定结果真实可靠。
（四）下游转录调控实验应用效果
1、转录组测序：BHT-16T 提取 RNA 测序数据 Q30≥92.6%，样本聚类完全按照细胞处理分组；手工组存在批次聚类偏移，差异基因筛选假阳性比例升高；高质量完整 RNA 可精准识别低表达 lncRNA、miRNA，解析转录后调控网络。
2、ChIP-qPCR 验证转录因子结合：自动化纯化 ChIP-DNA 启动子富集倍数为手工法 2.3 倍，DNA 片段均一，超声破碎后交联复合物蛋白去除彻底，显著提升转录因子与基因组结合位点检出效率，适用于转录激活、表观修饰调控机制研究。
3、RIP 微量 RNA 提取：BHT-16T 磁珠体系适配微量 RNA 捕获，AGO2 结合靶 RNA 回收率提升约 40%，可稳定检测低丰度非编码 RNA 互作，用于 miRNA 介导转录抑制机制解析。
三、讨论
转录调控机制解析依赖稳定、高质量的核酸模板，核酸提取作为实验上游关键步骤，其性能缺陷会逐级放大至下游测序、定量验证，造成调控网络解读失真。传统手工提取受操作人员熟练度、环境 RNase 污染、操作时长多重干扰，难以支撑大规模、多维度转录组联合表观组研究。
本实验证实博清生物 BHT-16T 全自动磁珠核酸提取仪通过标准化机械流程解决手工提取核心短板：一是严格保护 RNA 完整性，RIN 值稳定满足转录组建库标准，保障低丰度调控 RNA 精准定量；二是降低批次间变异系数，消除人为操作误差，保证多梯度、多处理组转录差异分析可信度；三是紫外 + HEPA 双重防污染体系，适配 ChIP、RIP 微量免疫沉淀样本，避免杂核酸干扰转录因子与 RNA 结合蛋白靶标鉴定；四是一机多用，覆盖总 RNA、染色质 DNA、微量结合态 RNA 提取，一站式支撑转录激活、组蛋白修饰、非编码 RNA 转录后调控全维度研究。
相较于高通量 96 通道大型提取平台，BHT-16T 16 通量小型台式设计更适配中小型课题组常规转录调控机制研究，设备投入成本更低、占地空间小、操作维护简单，配套博清生物专用转录调控磁珠试剂盒可实现流程标准化，减少试剂摸索成本。同时设备程序可自定义存储、U 盘导出，针对特殊原核、植物、肿瘤原代细胞样本可优化裂解、洗脱参数，拓展转录调控研究物种与模型适用范围。
博清生物科技（南京）有限公司研发的BHT-16T核酸提取仪可稳定从细胞、组织、ChIP/RIP 免疫沉淀复合物中纯化高纯度、高完整性核酸，相较于传统手工提取法，RNA 降解程度显著降低、实验重复性大幅提升、交叉污染风险可控；提取产物可直接用于转录组测序、ChIP-seq、RIP-seq、qRT-PCR 等转录调控核心实验，能够精准解析转录因子结合、表观修饰、非编码 RNA 介导的多层级基因调控网络。设备小型化、自动化、多样本兼容的特点，适配分子生物学实验室常规转录调控机制基础研究，可为基因表达调控、表观遗传、肿瘤分子机制等方向提供标准化、可靠的核酸前处理技术支撑，具备广泛的科研应用推广价值。
